一国之君左右不了的事也太多了。永乐当然了解身边文臣心在高炽一边的想法，但高炽监国的漏洞百出，诸般错误又怎能原谅，长此以往，皇帝的权威何在，辅臣的职责何在？不惩罚太子，也要责罚辅臣，一瞬间，永乐作出了处罚辅臣的决定，敲山震虎。
回到宫中，迁都的大事搁置到一边，立即下旨，逮东宫辅臣吏部尚书蹇义、学士黄淮、谕德杨士奇、洗马杨溥及芮善、金问等到北京下狱。后又觉得逮捕身兼要职的二品大员不妥，遂于路途宽宥蹇义回南京复职。他对杨士奇印象颇好，几个人被逮到北京，他则亲自审问杨士奇。
“你知罪吗？”永乐满脸的怒气，一字一板，长髯颤抖着，面露凶光。风湿症的疾病和疗病的药力更加剧了他内心的躁狂。
“臣知罪。”杨士奇直挺挺跪着，一腔热血呼呼上涌，白净的脸上开始泛红。这一切已在他的预料之中，也是他的谋略所在，他早已下定了赴死来见皇上的决心，只是不像周新，在皇帝面前把凛然正气太过表现。他已和太子约定，皇上所有的指责他全都承应，且得机说出南京动荡后面的真相，正好是个机会。
“臣等东宫辅臣罪孽有四：一则未能辅太子保一方平安，国之首善之区鸡飞狗跳，邪恶丛生，群丐乱淫，有辱先祖，亦致天下之人猜测京师，国将不国；二则亵渎礼法，于皇上凯旋之时，当遣使时不遣使，当恭贺时未恭贺，遣使误期，书奏失辞，有大不敬之虞；三则辅导不力，失误迭发，皇上怪罪，太子惶恐，至骨肉不亲，父子失和。四者斜风怪雨，笪桥垮塌，致十数人瞬间殒命。五则孝陵十数个军士陈尸江滨，五府震动。此五者之罪，罪在微臣，是微臣有负陛下之重托，诚惶诚恐，请皇上降罪，臣等方才心安。”
永乐是个急脾气、炮筒子，直来直去，你承认有罪了，乃至罪不可赦，愿意接受任何责罚，他的气就消了一半。若是巧语花言百般抵赖或是直抗，盛怒之下，你恐怕连性命都难保了。
“这几条就是你们的全部罪过？朕且问你，辅臣芮善、金问是怎么一回事，朱桓、枚青任职又是怎么回事？皇太子可以任免天下官吏？朕还没死呢！”话虽直硬，语气却略有缓和。
皇上这般生生死死的话，杨士奇哪儿承受得起，他俯身在地，使劲磕着头：“皇上这样说，臣就只有死的份了。”说罢，以头触地，“砰砰”作响，震荡着殿堂，也震动着永乐的心，眼见他额头的鲜血渗出来。
“起来说话。”永乐愤怒着，心也在一步步退却着。杨士奇慢慢爬起，站到一旁，感觉额头疼痛中似有数条小虫爬过，是鲜血在渗出，往下流。他犹豫了一下，还是悄悄扭头，用袖子沾了沾，额上才干净些。时已中秋，杨士奇一身素布衣衫全被汗水浸透，贴在身上。因进皇宫，才未穿囚服。
他的心情紧张极了，既为皇太子、为东宫辅臣，也为自己捏了一把汗。纵然是抱死而至，但凡有生的希望又何必赴死？他的每一句话都斟酌过无数遍，生怕哪一句不当，满盘皆输！若高炽失位，东宫辅臣又有何面目再立于朝堂？皇上不处置，自己也要找个地缝钻了；眼下，太子还是个储君，皇上大权独揽，太子监国，谈不上治国理政，至多就是个见习。多年来，太子宽人厚德，辅臣与太子君臣间相处融洽，观太子所为，足以成守成之君。
翻回来说汉王，除了战阵上的本事，还有哪一点能让人恭维？为争太子之位，用了多少手段，死了多少人，南京城的事，哪一桩、哪一件不和他扯上干系，想取代太子之位也不是这个取法呀！
这些话能直捅给皇上吗，皇上又能听得进吗？他借揩血之机飞快地转着心思，想着怎样说出该说的话。东宫辅臣下狱，下一步太子就危了，就是辅臣被抓，太子还不是每日如坐针毡？他思虑已熟，下定决心，低着头，一字一板：“皇上，请赦臣不恭之罪，臣有密情禀奏，请容臣把话说完，随皇上处置。”
“说。”杨士奇的光明磊落和经世之才是人所共知的。他幼年丧父，随母改嫁罗氏，八、九岁的时候，稍明事理，实在受不了罗家的冷眼，辞别母亲返回本宗。虽孤苦无依，贫困交加，仍借书、读书不辍，未及弱冠，已是乡里出了名的小秀才。十四五岁时，一颗成熟的心驱使他游走于湖、湘间授徒自给，人争以送子弟入学为荣，人长了学问，名气也大了。
建文年间修《太祖实录》，被荐入翰林院任编纂官。吏部奉旨考核史馆儒士，看了士奇的策论，大为惊讶，认定他是个经邦济世之才，遂奏为第一，升为七品官员。永乐即位，改为编修，和解缙、杨荣等一起入阁，参与机枢，再任太子府的谕德。
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