雨隐村
一个好像每天都在下雨的国家。
由雨隐村挑起的第二次忍界大战持续了很久。
在混乱的时局的中一家三口逃离了雨隐村在一个普通的村子隐姓埋名当普通人，却遭遇到了两个闯入家中的木叶忍者，年幼的长门亲眼看到自己的父母死在木叶忍者手下，极度害怕的他无意识的使用出了轮回眼的能力将两个木叶忍者杀死。
失去父母的长门在战火中流浪，路边如他这般的孤儿随处可见，他们的眼神全是麻木的空洞，物质匮乏的年代这些弱小的孤儿连树根都没法抢到，长门因为饥饿晕倒在了路面，在闭眼之时他想的是：如果能这样死去的话，就不会感到饥饿了吧。
路过的蓝发女孩小南遇到了晕倒的长门，并将他带回雨隐村的一个基地，在这里长门认识了永远阳光灿烂的弥彦。
小南，弥彦，长门，三个有着同样遭遇的战争孤儿从此相依为命，他们靠偷窃食物为生。
在每天都有人死去的时代弥彦说：他要阻止战争，他要改变这个饱受创伤的国家。
后来他们遇到了正在与雨隐村半神山椒鱼半藏对打的木叶三忍，这场旷世之战深深震撼了他们的内心，弥彦决定要去拜木叶三忍为师，他们先找到了自来也，自来也出于入侵者的愧疚以及看到了长门眼眶里六道仙人才拥有过的轮回眼，决定收下了他们，自来也在教他们如何使用查克拉之时也不忘给他们传导世界和平的真理，跟着自来也修行的这三年是他们最快乐的时光。
后来，战争结束了，自来也不得不放下他们回到木叶，可战争后的雨隐村并没有迎来和平，依旧有一些忍者为了抢夺食物财产甚至为了报复去骚扰屠杀雨隐村村民。
变强的弥彦三人拯救了一个被砂忍迫害中的村子，并在此成了“晓”组织，这时候的晓组织还是个立志不靠极端武力，用爱感化人心以此来创造世界和平的组织。之后有许多志同道合的忍者加入了这个组织，晓逐渐壮大并声名鹊起。
晓组织的出现成了战后雨隐村黑暗中的光，眼看雨隐村就要被晓组织的意志改变，志村团藏为了让这个国家永远无法强盛起来他蛊惑了雨隐村的半神山椒鱼半藏，山椒鱼半藏在志村团藏的嘴遁之下认为这个组织会威胁到自己的统治地位，两人决定联手，摧毁晓组织。
崇拜山椒鱼半藏的弥彦收到了偶像的信件，说要借用晓组织的力量让雨隐村彻底和平，天真的弥彦相信了，他带着心腹来到会谈的地点，在这里他们遭遇到了木叶暗部以及雨隐村忍者的袭杀。
山椒鱼半藏事先擒获小南以她的性命作要挟让长门杀了弥彦，弥彦为了救小南让长门杀了自己。
在不知如何选择之时，弥彦主动撞到了长门的苦无上，倒在了长门身旁。就当半藏要将他们全部杀死的时候，长门挡住了半藏的手下的所有攻击，救下小南，他的双腿也因此中了半藏的火遁·起爆炎阵。
眼见遭受欺骗，挚友又死在自己面前，在极度愤怒之下长门使用轮回眼召唤出外道魔像，震惊了全场所有人，外道魔像将木叶的暗部和半藏的手下的灵魂全部抽离，半藏、团藏落荒而逃。
弥彦死后，长门成了晓的新任首领，他利用轮回眼的力量将弥彦的尸体制造成了天道傀儡佩恩由他继续在表面统领晓组织。
长门再次遭受失去重要之人的巨大打击，他意识到之前自来也教的和平理念根本就一文不值。他认定只要在这个被诅咒的世界，不会有真正的和平，人与人之间是永远不会相互理解的，他对和平的理解在此刻走上了极端。
于是长门和自称宇智波斑的面具人合作，计划收集尾兽，开发新的禁术，制造尾兽兵器，获得可以瞬间摧毁一个国家的力量，靠人类对那些痛楚的恐惧来抑制战争，以痛苦的方式引导世界，让世界走向和平。
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