削平三藩
平定三藩之乱
康熙十二年（1673年）三月，以平南王尚可喜请求归老辽东，但请求留其子尚之信继续镇守广东为引线，引发了是否撤藩的激烈争论。[23]最后康熙帝认为“藩镇久握重兵，势成尾大，非国家利”，决定下令“撤藩”。七月，吴三桂假装请旨撤藩，康熙帝同意。[24]同年十一月，吴三桂在云南提出反清复明，杀云南巡抚朱国治。[25]并于次年派将率军进攻湖南，攻陷常德、长沙、岳州、澧州、衡州等地。他又派人四出散布檄文。广西将军孙延龄、四川巡抚罗森等许多地方大员纷纷反清。接着，福建耿精忠亦反。在短短数月之内，滇、黔、湘、桂、闽、川六省丢失，一时间危在旦夕。随后，陕西提督王辅臣、广东尚之信等也相继反叛，叛乱扩大到广东、江西和陕西、甘肃等省。
康熙帝的对策是坚决打击吴三桂，决不给予妥协讲和的机会；而对其他的叛变者则大开招抚之门，以此来分化敌军，削弱吴三桂的羽翼，从而孤立吴三桂。[26]在这个方针之下，康熙帝把湖南作为军事进攻的重点，命勒尔锦等统领大军至荆州、武昌，正面抵住吴三桂，并进击湖南，又命安亲王岳乐由江西赴长沙，以夹攻湖南。此外，康熙帝又放手重用汉将、汉兵作战。[27]康熙十五年（1676年），陕西王辅臣和福建耿精忠在清军进攻下，先后投降。[28-29]广东的尚之信也于康熙十六年（1677年）投降。[30]陕、闽、粤以及江西都先后平定。吴三桂局促于湖南一隅之地，外援日削。而清军已由江西进围长沙，其失败之势已成。
康熙十七年（1678年）三月，吴三桂在衡州称帝，国号周，大封诸将。未几即忧愤成疾，于八月病死。吴三桂死后，其部将迎立其孙吴世璠继位，退居云贵。此后，清军先后收复湖南、广西和四川。康熙二十年（1681年）冬，清军攻破昆明，吴世璠自杀，三藩平定。[31]
统一台湾
平定三藩之乱后，将台湾纳入版图又被提上日程。早在吴三桂发动叛乱时，郑经派人与耿精忠联络，派遣军队在福建沿海登陆，攻城略地。但耿精忠很快“反正”，郑经孤立无援，亦遭失败，退回台湾。康熙十九年（1680），郑氏政权所固守的金门、厦门被清军收复后，再也无力反攻了。郑经回到台湾，不理政务，沉湎于酒色，以“嬉游为乐”。他的岳父冯锡范乘机窃取权力，主宰一切。这预示着郑氏政权正走向衰落。[156]康熙二十年（1681年），郑经去世，台湾内部发生政变，年仅十二岁的郑克塽继任延平王位，大权实际上为冯锡范、刘国轩掌握。郑氏官员向心力开始动摇，负责与清朝谈和的傅为霖甚至愿当内应。[32]福建总督姚启圣认为是进攻台湾的好时机，向康熙帝推荐施琅。
但朝廷对征台灭郑，大臣们的意见并不一致。一部分反对动用军队征台，以为刚刚平息吴三桂之乱，天下初定，不宜再开兵端；在福建的一些封疆大吏尤其反对武力统一台湾，以水师提督万正色反对尤力.他断然说:“台湾断不可取！”还有一些认为“海洋险远，风涛莫测，长驱制胜，难计万全”。有些甚至怀疑施琅的忠诚，断定他征台湾，“必叛”无疑。以内阁大学士李光地、福建总督姚启圣、巡抚吴兴祚为主战代表，力主趁机攻取台湾.永绝后患。他们力保施琅可当大任，因为他与郑氏有世仇，其心可保；熟悉海上情况，又有谋略，威震海上。康熙帝听取了各方面的意见，终于决定下达了进军台湾的命令，正式任命和起用施琅为福建水师提督，委以全权，统率大军取台湾。[156]
康熙二十二年（1683年），康熙帝以施琅为福建水师提督，出兵攻台，在澎湖大败刘国轩所率领的郑氏海军，随后明郑纳土归降。康熙二十三年（1684年），清政府在台湾设一府（台湾府）三县，即台湾县（今台南）、凤山县（今高雄）、诸罗县（今嘉义），隶福建省，并在台湾设巡道一员，总兵官一员，副将二员，兵八千。在澎湖设副将一员，兵二千。从而加强了中央对台湾的管辖，促进了台湾经济文化的发展。[33]
驱逐沙俄
清军入关后，沙俄远征军曾多次入侵中国黑龙江流域，烧杀抢劫，四处蚕食中国领土。康熙二十二年（1683年）九月，清廷勒令盘踞在雅克萨等地的沙俄侵略军撤离清领土。沙俄军不予理睬，反而率兵窜至爱珲（今黑龙江爱辉县）劫掠，清将萨布素将其击败，并将黑龙江下游沙俄军建立的据点均予焚毁，使雅克萨成为孤城。但沙俄军负隅顽抗。康熙二十四年（1685年）正月二十三日，为了彻底消除沙俄侵略，康熙帝命都统彭春赴爱珲，数日攻克雅克萨城，即行回师，留部分兵力驻守爱珲，另派兵在爱珲、墨尔根（今黑龙江嫩江）屯田，加强黑龙江一带防务。[145]
中国军民保卫雅克萨之战
康熙二十四年（1685年）秋，沙俄卷土重来，再次占领雅克萨城。俄军这一背信弃义的行为引起清政府的极大愤慨。次年初，康熙帝接到奏报，即下令反击。康熙二十五年（1686年）七月二十四日，清军2000多人进抵雅克萨城下，将城围困起来，勒令沙俄侵略军投降。俄将阿列克谢·托尔布津不理。八月，清军开始攻城，托尔布津被清军击毙，俄军改由杯敦代行指挥，继续顽抗。八月二十五日，清军考虑到沙俄侵略者死守雅克萨，必待援兵，且考虑隆冬冰合后，舰船行动、马匹粮秣等不便，于是在雅克萨城的南、北、东三面掘壕围困，在城西河上派战舰巡逻，切断守敌外援。侵略军被围困，战死病死很多。826名俄军，最后只剩66人。雅克萨城旦夕可下，俄国摄政王索菲亚急忙向清廷请求撤围，遣使议定边界。清廷答应所请，准许沙俄军残部撤往尼布楚（今俄罗斯涅尔琴斯克）。
雅克萨之战结束后，双方于康熙二十八年（1689年）七月二十四日缔结了《尼布楚条约》，规定以额尔古纳河-格尔必齐河-外兴安岭为中俄两国东段边界，黑龙江以北，外兴安岭以南和乌苏里江以东地区均为中国的领土。
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